El antiguo convento de San Sebastián, perteneciente a las monjas del Císter, fue fundado el 31 de agosto de 1649 por el capitán Sebastián Pérez Enríquez y su esposa Luisa Francisca Montañés. El cenobio se erigió aprovechando unas casas terreras de dos plantas y unos solares del propio fundador, a los que se sumaron otras casas donadas por María Acevedo.

La vida en clausura se inició con ocho religiosas, tres de ellas hijas del fundador, quien se comprometió a mantenerlas hasta que el monasterio fuera autosuficiente, hecho que aconteció en 1658. Sin embargo, en la última década del siglo XVII contaba con menos de una decena de monjas, debido a la extrema pobreza en la que se encontraba la comunidad.

Aunque entre 1750 y 1786 tendrá lugar un periodo de recuperación económica, el convento acabará sumiéndose en una profunda crisis que culminará con su desamortización en 1836. Desde dicha fecha el edificio pasó a manos del Ministerio de la Guerra, el Ministerio de Hacienda, las escuelas municipales y, ya en 1912, se convirtió en sede del Ayuntamiento hasta 1980.

El 7 de febrero de 1986 fue declarado Monumento Histórico Artístico, momento en que se inició una importante labor de acondicionamiento que lo convirtió en el principal centro cultural del municipio. La rehabilitación de este inmueble comenzó a finales de 1993. Durante este periodo el Museo Arqueológico de Tenerife, dependiente del Organismo Autónomo de Museos y Centros, procedió al estudio de unos restos humanos hallados en el transcurso de las obras.

En febrero de 1997 se inició la segunda etapa de restauración del edificio, trabajos que finalizaron en mayo de 1999. Fue entonces cuando se hizo cargo de la última etapa de rehabilitación el Cabildo Insular de Tenerife, que inauguró las nuevas dependencias el día 8 de noviembre del año 2000.